Neben den ausgestellten Abteilungen befinden sich in den Museumsdepots reichhaltige Sondersammlungen. Diese Objekte sind derzeit noch nicht zu besichtigen, werden aber für neue Sonder- und Dauerausstellungen vorbereitet.
Die Depotbestände sind für Spezialisten zu Forschungszwecken nach Vereinbarung zugänglich.
Im Stadtmuseum finden sich Sammlungen zur Handwerks- und Industriegeschichte, insbesondere zur Nadlerei und Goldschlägerei, eine umfassende Sammlung mit Objekten aus Ostafrika und natürlich Vielfältiges zum Thema Stadtgeschichte.